Abra o prompt de comando. Basta ir na pasta que o software está instalado, achar o executável do programa e adicionar o parâmetro "-install" nele.

Exemplo: pasta do MSN messenger. Vai no cmd.

 

cd Arquivos de programas

cd MSN Messenger

msnmsgr.exe -install

 

Com isso vai nos serviços do windows e coloca ele pra startar automaticamente.